一、期末留抵税额抵减欠税的含义
根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》(国税发[2004]112号)规定：
增值税一般纳税人既欠缴增值税，又有增值税留抵税额的，应以期末留抵税额抵减增值税欠税。
根据《国家税务总局关于增值税进项留抵税额抵减增值税欠税有关处理事项的通知》(国税函[2004]1197号)规定：
1.抵减欠缴税款时，应按欠税发生时间逐笔抵扣，先发生的先抵。
2.抵缴的欠税包含呆账税金及欠税滞纳金。
3.以税局填开的《增值税进项留抵税额抵减增值税欠税通知书》日期作为截止期，计算欠缴税款的滞纳金金额。
4.欠缴总额=欠税金额+滞纳金;
5.如果欠缴总额>期末留抵税额，则实际抵减金额=期末留抵税额，并按配比方法计算抵减的欠税和滞纳金(不能只抵税款或滞纳金);
若欠缴总额<期末留抵税额，则实际抵减金额=欠缴总额。
根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人将增值税进项留抵税额抵减查补税款欠税问题的批复》(国税函[2005]169号)规定：
增值税一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款，如果纳税人有进项留抵税额，可按照《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》(国税发[2004]112号)的规定，用增值税留抵税额抵减查补税款欠税。
二、如何计算抵减金额
例：甲公司2021年12月被稽查，稽查结果应交增值税80万元，但因资金紧张，无法全额缴纳。同时甲公司存在留抵税额，故申请以留抵税额抵减稽查欠税金额。主管税局已同意并填开《增值税进项留抵税额抵减增值税欠税通知书》，截至通知书当日，应补滞纳金20万元。则甲公司欠缴总额为100万元。
(1)如期末留抵税额为60万元，则甲公司实际可抵减金额为60万元，其中：
抵减税款=60×(80/100)=48万元，
抵减滞纳金=60×(20/100)=12万元。
剩余税款32万元及滞纳金8万元，共计40万元仍需甲公司以现金缴纳。如果甲公司仍不按时缴纳，则继续加征滞纳金。
(2)如期末留抵税额为150万元，则甲公司可全部抵减欠税80万元及滞纳金20万元，抵减后甲公司期末留抵税额为50万元。
三、留抵税额能否抵减预缴增值税欠税
对于房地产企业和建筑业等需要预缴增值税，如企业同时存在留抵税额，是否可以直接用留抵税额抵减预缴增值税欠税?
针对该问题，112号文并未明确增值税欠税不包括预缴增值税形成的欠税，但毕竟政策出台于2004年，彼时尚无预缴增值税情况。同时由于预缴增值税与清缴增值税性质及申报不一致，因此是否可以抵减实务中各地口径不同。
目前需要预缴增值税的情形主要有：
1.房地产企业销售开发商品取得预售款时;
2.纳税人转让不动产时;
3.纳税人出租的不动产所在地与机构所在地不在同一县市区时;
4.纳税人提供建筑服务收到预收款时;
笔者认为预缴增值税属于税务机关加强税收征管，保证税源及时入库的手段。针对房地产企业，由于前期商品房尚未交付，无需缴纳增值税。但由于取得大量工程发票，存在大额留抵税额，如留抵税额可以抵减预缴增值税欠税，不排除纳税人不按时预缴增值税，故意形成欠税，再以留抵税额抵减该增值税欠税的情况。
因此笔者认为，留抵税额抵减预缴增值税欠税实现难度大。
例：甲房地产企业2021年1月开始建造商品房，2021年10月商品房达到预售条件，当月取得预收款10900万元，2021年1~10月，甲企业累计认证进项税额2000万元。则：
甲企业当月预缴增值税=10900/(1+9%)*3%=300万元;
如留抵税额可用于抵减预缴增值税，甲企业可不预缴该增值税，形成欠税，并于申报期后一日内向主管税局申请留抵税额抵减增值税欠税。
如此，甲企业只需额外支付300*0.05%=0.15万元滞纳金即可获得300万元税款对应的资金收益。
如果资金成本按6%计算，假定甲企业1年后才满足清缴增值税条件，且当月销项税额大于进项税额。
则甲企业相当于获取资金收益=300*6%=18万元。
净收益=18-0.15=17.85万元。
对于房地产企业而言，开发周期长，销售收入高，增值税金额大，不排除采用此种方式筹划，以少量滞纳金换取较长时期的资金收益。(本文原创：旺文生义)
如此，则2019年出台的进项留抵退税政策已无太大意义。
参考：河北省12366回复留抵税额能否抵减预缴增值税欠税：
根据《河北省国家税务局关于全面推开营改增有关政策问题的解答(之二)》的规定：
七、关于房地产开发企业增值税留抵税额是否可以抵减预缴税款问题
房地产开发企业的增值税留抵税额不能抵减预缴税款。
例如：2016年8月，某适用一般计税方法的房地产开发企业取得不含税销售收入1000万元，应当预缴增值税30万元，当月该公司留抵税额50万元。此时，该公司应当缴纳预缴增值税30万元，50万元留抵税额继续留抵，而不允许以留抵税额抵减预缴税额。
在纳税申报上，当月有留抵税额时，《增值税纳税申报表》主表第24行“应纳税额合计”为0，第28行“分次预缴税额”也为0，可见不能相互抵减。
在会计处理上，预缴的增值税一般在“应缴税费—未缴增值税”科目借方记载，而增值税留抵税额在“应缴税费—应缴增值税(进项税额)”专栏记载。两者属于不同的会计科目，不能相互抵减。?
但实际上，该回复仅阐述留抵税额不得抵减预缴增值税，并未明确回复是否也不能抵减预缴增值税形成的欠税。?
四、留抵税额能否抵减简易计算的应交增值税欠税
该情况与能否抵减预缴增值税类似，笔者认为进项留抵税额属于针对一般征收情况的概念，不能与简易计税混同，因此不能抵减简易情况形成的应缴增值税欠税。否则对于同时有简易计税和留抵税额的企业，可通过留抵税额抵减故意形成的简易欠税，则有突破增值税抵扣链条之嫌。
但若实务中确实因资金问题形成欠税，仍可与主管税局进行争取，减少滞纳金。
该问题辽宁12366有做回复：留抵税额抵减简易计算的增值税欠税存在税收筹划的风险。
但至今国税总局仍未出台明确的规定，可见国税总局也并未规定“能”还是“不能”，将裁量权交给地方税局。
五、留抵税额抵减的欠税部分是否还要缴纳附加税
正常理解，如果增值税欠税税局已同意以留抵税额抵减，企业无需缴纳增值税，税基已不复存在，附加税自然也不必缴纳，否则会导致纳税人多交附加税。但实务中部分地方税局仍然要求纳税人缴纳该部分附加税。
例：假定甲公司欠税300万，期初留抵税额为2000万，税局同意甲公司以留抵税额抵减欠税，当月甲公司正常业务产生销项税额2700万，新增进项400万。则甲公司当月各项税费如下：
①上期留抵税额=2000-300=1700万元;
②当月可抵扣进项金额=1700+400=2100万元;
③当月应交增值税=2700-2100=600万元;
④当月应交附加税=600*(7%+3%+2%)=72万元;
如果抵减欠税部分也需缴纳附加税，则甲公司还需缴纳附加税=300*(7%+3%+2%)=36万元;
当月附加税一共缴纳=72+36=108万元;
而如果甲公司直接以现金缴纳欠税，则甲公司当月各项税费如下：
①上期留抵税额=2000万元;
②当月可抵扣进项金额=2000+400=2400万元;
③当月应交增值税=300+2700-2400=600万元;
④当月应交附加税=600*(7%+3%+2%)=72万元;
即是否以留抵税额抵减欠税，不影响增值税实际缴纳金额(上例中都是600万元)。但以现金缴纳欠税时附加税为72万元，抵减情况下附加税108万元，相比不抵减多36万元，正是由于抵减部分要求缴纳附加税导致。
纳税人选择留抵税额抵减欠税，即减少了后续可抵扣增值税基数，后期需多交增值税，实质上为将本期应交税款进行延缓。
从整个经营周期来看，不能因纳税人纳税时点不同，增加纳税人的整体税负。
更不能因为纳税人享受了税收政策，反而增加纳税人税负。若抵减部分仍需缴纳附加税，实质上已造成重复征税。
因此笔者认为，纳税人利用留抵税额抵减增值税欠税的部分，无需缴纳附加税。
针对该问题，吉林省回复：该问题因没有具体文件规定，以主管税务机关答复为准。
而湖南、安徽、山东、四川、海南等大部分省市对此情况的处理意见为：
经批准用增值税留抵税额抵减增值税欠税的部分，应征收城市维护建设税、教育费附加和地方教育费附加。但应区分2种情况：
一、如果欠缴的增值税没有按规定缴纳城建税、教育费附加和地方教育附加，应按本期应纳增值税计算城建税、教育费附加和地方教育附加。若没有办理附加税费缓交手续，应按规定加收滞纳金。
二、如果欠缴的增值税按规定缴纳了城建税、教育费附加和地方教育附加，应按本期应纳增值税减去欠缴的增值税后的余额计算应纳城建税、教育费附加和地方教育附加。?
上述回复与笔者的看法一致，避免了重复征税。为便于理解，举例如下：
例：甲公司为按季度纳税的增值税纳税人，2021年3季度应交增值税100万元，但甲公司因资金紧张，未按时缴纳，形成欠税。2021年10月，甲公司新增留抵进项200万元，2021年4季度甲公司销项税为800万元。甲公司于11月初申请了留抵税额抵减欠税，税务机关同意并出具《增值税进项留抵税额抵减增值税欠税通知书》。为便于呈现，假定滞纳金甲公司以现金支付。
1.甲公司四季度应交增值税=800-(200-100)=700万元;
应交附加税=700*(7%+3%+2%)=84万元;
附加税金额与甲公司直接现金缴纳欠税计算结果一致。
2.假定甲公司3季度已将所欠增值税100万对应的附加税12万元按时缴纳，则：
甲公司四季度应交增值税=800-(200-100)=700万元;
应交附加税=(700-100)*(7%+3%+2%)=72万元;
甲公司3、4季度合计缴纳附加税=12+72=84万元，与直接现金缴纳欠税计算结果一致。
六、结论
1.企业存在增值税欠税，同时有增值税留抵税额时，可以留抵税额抵减增值税欠税(包括稽查补税部分)，但能否抵减预缴增值税和简易方式计算的增值税欠税，需咨询各地税局确定;
2.存在多笔欠税的，按欠税发生顺序进行抵减。同时可以抵减欠税对应的滞纳金;
3.留抵税额不足抵减欠税总额时，不能只抵减税款或滞纳金，应按比例进行抵减;
4.留抵税额抵减欠税的部分原则上无需缴纳附加税。实务中如遇税务机关要求缴纳附加税时，可就具体情形与税局进行沟通，积极进行申辩，维护企业权益。
但交税不一定是坏事，不交不一定是好事。
5.留抵税额只能抵减增值税欠税，不能抵减其他税种欠税，与应退税款不同。